Betrachtet man die Unterschiede zwischen den Methoden S/MIME und OpenPGP vom Standpunkt der Sicherheit, gibt es keinen Favoriten Beide Protokolle bilden die aktuellen Sicherheitsanforderungen vollständig ab. Aus anderen Blickwinkeln können sich jedoch durch Voraussetzungen und Leistungen durchaus erhebliche Unterschiede für die Praxis ergeben. Für die Auswahl der Methode zur Verschlüsselung sind demzufolge allein die Anforderungen aus der täglichen Arbeit relevant.